Trước khi các đế quốc thực dân châu Âu trỗi dậy, bán đảo Mã Lai và quần đảo Mã Lai được coi là nhà của các vương quốc như Srivijaya, Majapahit (sau này là Indonesia) và vương quốc hồi giáo Melaka. Vương quốc Srivijaya và Majapahit chứng kiến sự lan rộng của Ấn Độ giáo ở khu vực này cho tới ngày nay, trên danh nghĩa là những tín đồ Hồi giáo nhưng rất nhiều những huyền thoại cũng như là những nét truyền thống về đạo Hindu vẫn còn tồn tại trong văn hóa truyền thống của người Mã Lai. Một sự chuyển biến lớn sang Hồi Giáo đã xảy ra sau khi có sự nhập cư của những thương lái Ả rập đến Mekala.
Xem thêm: Thông tin du lịch Malaysia
Mọi chuyện bắt đầu thay đổi vào thế kỉ thứ 16 khi người Bồ Đào Nha thành lập thuộc địa của châu Âu đầu tiên tại Đông Nam Á bằng cách đánh bại vương quốc hồi giáo Mekala. Tiếp sau đó, Bồ Đào Nha bị Hà Lan cướp mất Malacca. Anh Quốc cũng thiết lập thuộc địa đầu tiên của mình ở Mã Lai là đảo Penang vào năm 1786 khi vua Kedah nhượng lại. Cuối cùng, Hà Lan và Anh Quốc đã phân chia phạm vi ảnh hưởng của mình tại quần đảo này bằng việc kí kết hiệp định Anh- Hà Lan vào năm 1824. Với hiệp định này, Hà Lan đồng ý nhượng lại Malacca cho Anh Quốc và đổi lại, Anh sẽ nhượng tất cả thuộc địa của mình ở Sumatra cho Hà Lan. Ranh giới phân chia quần đảo Mã Lai thành hai khu vực Anh và Hà Lan này tương ứng là đường biên giới giữa Malaysia và Indonesia ngày nay.
Trước chiến tranh thế giới II, tại bán đảo Mã Lai, Anh Quốc điều hành Liên Minh các bang Mã Lai (Selangor, Perak, Negeri Sembilan và Pahang) như một quốc gia riêng biệt; các bang Mã Lai không liên minh (gồm Johor, Kedah, Perlis, Terengganu và Kalentan) bị cai trị như những quốc gia thuộc địa riêng biệt và Straits Settlements (bao gồm Malacca, Penang, Singapore) là những thuộc địa chưa độc lập. Phía bắc của đảo Borneo gồm thuộc địa của Anh – vương quốc Sarawak được cai trị bởi một gia đình người Anh được biết tên “White Rajas” (Rajas trắng) và người Anh bảo hộ cho Brunei.
Chiến tranh thế giới II là một thảm họa cho Tổng tư lệnh Anh-Mã Lai (British Malaysan Command). Nhật Bản đã càn quét sạch cả hai bờ biển của bán đảo Mã Lai bất chấp sự đấu tranh quyết liệt của Anh. Rất nhiều quân đội Anh đã phải chiến đấu với Đức ở Châu Âu và những người lính Anh còn lại đang sống ở Malay không thể đối phó với sự càn quét của Nhật Bản. Các trang bị vũ khí còn lại cho quân đội Anh để phòng thủ Mã Lai đã bị lỗi thời và không có đủ sức chống trả những vũ khí hiện đại mà người Nhật sử dụng. Trong khi đó, chỉ có hai thuyền chiến được đặt ở khu vực này là HMS Prince of Wales và HMS Repulse đã quân Nhật thả bom đánh chìm ở bờ biển phía đông của Mã Lai. Trước ngày 31 tháng giêng năm 1942, Người Anh đã hỗ trợ cho Singapore giúp Singapore đánh gục Nhật vào ngày 15 tháng 2 năm 1942. Ở Borneo cũng vậy, Nhật đã bị hạ gục vào ngày mùng 1 tháng 4 năm 1942 sau nhiều tháng chiến đấu ác liệt. Trong thời gian Nhật chiếm đóng ở đây đã gây ra nhiều tội ác rất tàn bạo, rất nhiều người đặc biệt là người Trung Quốc đã phải mất đi tính mạng của mình. Những hành động tàn ác tai tiếng nhất của người Nhật là các cuộc hành quân mang tên “cuộc hành quân chết ở Sandakan”, với chỉ 6 người sống sót trong vài ngàn tù nhân tham gia chiến tranh.
Sau chiến tranh thế giới II, Liên minh các bang Mã Lai, các bang Mã Lai không liên minh và những thuộc địa chưa độc lập (Straits Settlements of Malacca và Penang) đã thống nhất thành lập một thuộc địa của Anh độc lập được gọi là Liên minh Malaysia, còn Singapore tách riêng ra để thành lập một thuộc địa riêng. Trong Liên minh Malaysia, vua của các bang khác nhau đã nhượng lại tất cả quyền lực của mình cho vương quốc Anh trừ trong lĩnh vực tôn giáo. Tuy nhiên, sự chống lại Liên Minh Mã Lai ngày càng lan rộng khiến cho Anh Quốc phải suy nghĩ lại vị thế của mình, và vào năm 1948, Liên Minh Mã Lai được được thay thế bằng Liên bang Malaya, giữ lại quyền tự trị của những vị vua. Ở Borneo, “White Rajas” nhượng quyền ở Sarawak cho vương quốc Anh vào 1946, biến Anh trở thành vương quốc thuộc địa.
Năm 1957 Malaysia dành được độc lập. Biểu tượng nhân vật Union Jack đẵ được hạ xuống và lá cờ đầu tiên của người Mã Lai tung bay trên quảng độc lập (Merdeka Square) vào nửa đêm ngày 31 tháng 8 năm 1957.
Sáu năm sau, nước Malaysia được thành lập vào ngày 16 tháng 9 năm 1963 qua một cuộc sát nhập giữa Malaysia và Singapore cũng như là các bang ở Sabah ở phía đông Malay (Sau này là Bắc của Borneo) và Sarawak ở bờ biến phía bắc của Borneo, nhưng Brunei quyết định không tham gia. Những năm đầu tiên trong lịch sử của quốc gia này đã bị phá hỏng bởi cuộc chạm trán đối đầu với Indonesia (konfrontasi) cũng như là những yêu sách với Sabah từ Philippines. Singapore đã bị trục xuất khỏi liên bang vào ngày mùng 9 tháng 8 năm 1965 sau một vài cuộc bạo loạn đẫm máu, đất nước với dân số chủ yếu là người Trung Quốc và sự ảnh hưởng của “đảng nhân dân hành động” dẫn đầu bởi ông Lý Quang Diệu (sau này là chủ tịch nước của Singapore) được coi như là mối đe dọa cho sự thống trị của người Mã Lai và do đó nó đã trở thành một đất nước độc lập.
